学生小嫩嫩馒头完结日本讲述的是：以幕末的长崎为舞台，有坂本龙马担任的侦探而活跃的推理剧，正在负责写脚本的编剧家耕作先生突然消失踪影，只写了一半的剧本则委托小五郎先生帮忙推理出剧中的真正犯人，调查了耕作房间的柯南等人发现了许多古董美术品窃盗团的简报，这一切似乎都有着隐情。失踪中的耕作先生利用邮件将后续的剧本传送过来，在剧本中出现了奇怪的台词。